É bem chato quando você está fazendo seu site lidamente, quando... se depara com um z-index que não passa por nada na frente do flashÉca, mas como as vezes é inevitavel o uso do mesmo, a solução é bem simples!
Não tem muito segredo e não tem nada a ver com z-index é só adicionar as linhas em negrito ao seu object
<param name="movie" value="seuflash.swf">
e o atributo
wmode="transparent"
Na tag embed, ficando assim no final
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,0,0" width="770" height="290" id="movie" align="">
<param value="transparent" name="wmode"/>
<param name="movie" value="seuflash.swf">
<embed src="seuflash.swf" quality="high" width="770" height="290" name="movie" align="" type="application/x-shockwave-flash" plug inspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" wmode="transparent">
</object>
Bom é isso, até mais